Tiempos antiguos
La zona estaba poblada en la época neolítica, aunque son los fenicios en el siglo VII a.C los que fundaron la ciudad de Lixus, en la orilla opuesta a la actual ciudad, convirtiéndola en un centro de pesca y comercial.
En el siglo V a.C. el navegante cartaginés Hannon instaló allí una colonia, siendo una ciudad prospera por la pesca del atún y ser ruta del oro subsahariano. Caído Cartago, la ciudad perteneció al reino Mauritano y en los años 40-45 d.C. fue colonia romana desarrollándose la industrias del salazón.
A finales del siglo III comenzó su declive que se acentuó con la caída del imperio romano. Tras la conquista musulmana, en el siglo VII, los combatientes llegados a Lixus establecen sus campamentos en la otra orilla del río fundando El Arich, donde los sultanes Merinidas construyeron en el siglo XIII una fortaleza, que es el actual Museo Arqueológico.
Edad moderna de Larache
En 1471 los portugueses establecidos en Arcila y Tánger atacaron y destruyeron la ciudad, quedando esta deshabitada hasta que el sultán Mohamed es Said la reconstruye, dotándola de una fortaleza a la entrada del puerto y convirtiéndola en unos de los puertos más importantes de la Berbería, guarida de corsarios, que resistió los ataques de las potencias europeas.
En 1610, por cesión del sultán, la ciudad pasó España, reinando Felipe III, llamada San Antonio de Alarache. Fue ocupada por el Marqués de Hinojosa, algunos de los hechos bélicos quedaron recogidos en la literatura del siglo de Oro Español, de la mano de Luis de Góngora. Se construyeron, por el maestre de campo Pedro Rodríguez Santiesteban, las murallas de defensa y el baluarte en 1618. En 1689 fue reconquistada por Muley Ismail auxiliado por tropas francesas mandadas por Luis XIV. El sultán le dio categoría de ciudad Majzén construyendo palacios, mezquita, baños y un horno repoblándola de población local.
Las primeras misiones franciscanas datan del año 1768 y en 1795. Existía un hospicio franciscano con iglesia bajo la advocación de la Santísima Trinidad. En 1888 fue establecida definitivamente la misión católica española por los franciscanos construyéndose en 1901 la iglesia de San José en el barrio judío.
Siglo XX en Larache
En 1911, como consecuencia de una rebelión de tribus contra el sultán, desembarcaron en la ciudad una compañía de infantería de marina apoyada por un tabor jerifiano al mando de los capitanes Ovilo y Lopera. La ocuparon, haciéndose cargo del mando, el Tcol. Fernández Silvestre, que en poco tiempo ocupa el territorio de Tánger a Alcazarquivir.
En Noviembre de 1912 se inicia el protectorado, creándose la comandancia general de Larache e iniciándose las primeras obras públicas, como carreteras, puentes y ferrocarriles. Desde esta comandancia se lucha, durante 1920, contra las tropas de Raisuni, cortándole la líneas de abastecimiento con Tánger. En 1922 se ataca a Raisuni en Tazarut, obligándolo a refugiarse en el Monte Buhasen, cerrándose la línea fronteriza del Lucus. En 1924 sale una columna de Larache para ayudar a la evacuación de Xauen, sin lograr llegar a su objetivo. Es a partir de 1926, vencido Abel Krin, las tropas de esta comandancia avanzan hasta Chauen pacificando el interior.
Durante el protectorado la ciudad quedó encuadrada en el territorio del Lucus, con una intervención territorial, convirtiéndose en centro militar, agrícola, ganadero y pesquero, destacando la compañía Agrícola del Lucus. Contaba con plantaciones en la zona del Lukus, fábricas de harinas, pastas, desmontadora de algodón, molino de arroz, conservas de pescado y vegetales, fabricas de embalaje, etc. La pesca contó con una almadraba de atún y una amplia flota.
En Auamara, se instaló la famosa la yeguada de Smid el Ma, y el aeródromo, con una línea aeropostal a Sevilla, pionera en España. Se construyeron colegios (Maristas), mercados, iglesias, etc, adecentándose los cementerios musulmanes e instalándose un faro en punta Nador.
Durante esta época era una importante guarnición militar, con el campamento de punta Nador al oeste, los cuarteles de Regulares, el Hospital Militar y jefatura de la Legión al sur, y al este en la carretera de Fez, una agrupación de cuarteles, el parque de artillería, la estación radiotelegráfica, y los centros de cría caballar y intendencia. En la carretera de Tanger cerca de Jemis de Sahel estaba el campamento de Krinda para el 3ª Tercio de la Legión.
Tras la independencia. y como otras ciudades de su entorno, pasó una crisis para adaptarse a la nueva situación. Disminuyó la población española y judía, creciendo mucho su población, por éxodo rural, con la construcción de nuevos barrios, desarrollándose la agricultura con nuevos regadíos, aunque perdiendo parte de su influencia a favor de Alcazarquivir. Su puerto acoge a una importante industria pesquera, a la que han contribuido empresas españolas. El turismo, dado su amplio patrimonio histórico y sus playas, tiene todavía un amplio campo para desarrollarse.
La ciudad pasó a ser capital provincial dentro de la wilaya de Tánger-Tetuán. En estos últimos años se ha inaugurado la autopista que la une con Rabat y Tánger que potenciará la economía de la ciudad. Se está trabajando en la modernización y ampliación del puerto, la construcción de viviendas y mejora de los barrios populares, estando en construcción «Puerto de Lixus» centro turístico de primer orden en la costa cercana a Lixus, comuna de Jemis de Shahel.